3月23日至24日，三九醫藥2008年度經理人年會在深圳召開。會議明確提出，三九醫藥今后將以發展戰略為核心，以業績文化為導向，以6S為工具，強化基礎管理，全面提升上市公司經營管理水平。

4月11日，國家藥監局調研組到三九醫藥進行專題調研，深入了解中藥配方顆粒劑型開發、生產和銷售等情況。

4月底，三九醫藥新生產基地獲得國家食品藥品監督管理局頒發的“生產許可證”和“GMP認證”證書。三九醫藥是廣東省食品藥品監督管理局首次對企業進行“生產許可證”及“GMP認證”同時驗收的試點單位。公司投資建設的新生產基地在“兩證”認證的各項檢查中，一次性順利通過驗收。

5月8日，三九醫藥工業園落成投產，對上市公司在推動中藥現代化、擴大生產能力、加快新產品開發、提高產品質量和市場占有率，以及提升“999”品牌價值等方面，起到全方位的促進作用，為實現公司持續、健康、快速發展打下良好的基礎。

5月30日，三九醫藥2008年投資者見面會在深圳圣廷苑酒店舉行，此次見面會的主題是“新視野、新價值、新三九”。會上，公司高管與40多位基金經理、證券分析師圍繞三九醫藥的成長性，進行了面對面交流和溝通。

6月16日，由三九醫藥股份有限公司主辦的“中藥配方顆粒學術研討會”在北京召開。這次會議明確提出了中藥配方顆粒的新的定位，對中藥配方顆粒的發展和進一步研究工作提出了指導性意見，對中藥配方顆粒的健康、持續發展以致國際化將起到非常重要的作用。

6月27日，雅安三九藥業抗震救災小分隊受到華潤集團表彰。該集體此后于8月下旬受到國務院國資委隆重表彰。

9月2日，三九醫藥推出新股改方案。

9月26日，三九醫藥股權分置改革相關股東會在深圳本部召開，會上宣布決議：三九醫藥股份有限公司股權分置改革項目順利過關。隨著三九醫藥股改的順利沖關，為上市公司在資本市場的拓展奠定了堅實基礎，標志著三九醫藥進入了全新的發展時代。

12月3日，由馬來西亞華人醫藥總會理事長盧映輝先生帶隊，馬來西亞中醫師代表團一行24人到三九醫藥股份有限公司本部訪問。