1月15日至16日，三九醫藥股份有限公司經營工作會議在深圳召開。會議明確：2009年，上市公司將大力推進和落實五項戰略舉措和八項具體工作，從“基礎管理年”轉向“成本效益年”。

 
1月下旬，三九醫藥PDMP（業績及發展管理流程）項目啟動會在深圳召開。三九醫藥是華潤醫藥“領導力發展項目”試點單位，也是華潤集團首家實施PDMP項目的企業。

2月11日，國家食品藥品監督管理局副局長吳湞，紀檢組長李東海率調研組，到三九醫藥股份有限公司考察。

2月11日至14日，新加坡中醫師代表團一行30人來到深圳，參觀訪問三九醫藥。

3月13日至15日，三九醫藥2009年度經理人年會在深圳召開。會議以上市公司戰略規劃為導向,提出了2009年的管理目標,以及五項戰略舉措和八項具體工作。14家下屬企業負責人分別與公司簽訂了2009年經營責任書。

3月17日,三九醫藥與廣大投資者相聚在深圳喜來登酒店會議廳。在這次以“機遇.變革.成長”為主題的見面會上，三九醫藥高管向與會基金經理、證券分析師等投資者介紹公司2008年度業績，并就公司未來發展、醫藥企業如何應對新醫改帶來的機遇和挑戰等話題，進行了面對面交流和探討。

4月7日，中國工程院院士、天津中醫藥大學校長張伯禮一行，來到三九醫藥股份有限公司深圳總部，就“壯骨關節丸”安全性研究及二次開發等工作與公司研發事業部研究人員進行了研討。

6月底，經過廣東省食品藥品監督管理局現場檢查，三九醫藥工業園全自動化運行的高架立體倉庫獲得GSP資質，在深圳市三九醫藥貿易有限公司經營許可證中，將添加新倉庫地址，這標志著三九醫藥工業園已納入完善的GMP、GSP管理體系，上市公司生產管理、物流管理邁上了新的發展平臺。

6月下旬，三九醫藥（000999）榮登2008年度中國上市公司“金牛百強”和“價值百強”榜。自7月1日起，三九醫藥（000999）調入滬深300指數，同時入選滬深300相對成長指數、滬深300相對價值指數、滬深300醫藥衛生指數以及中證中盤200指數。此前，三九醫藥（000999）已入選深圳證券交易所100成份指數。這充分說明三九醫藥上市公司受到資本市場的高度認可。

6月25日，同濟大學裴鋼校長帶領“中醫大師傳承人才”班專家共13人來到深圳，參觀訪問三九醫藥股份有限公司總部。

7月20日，首屆中國最具競爭力醫藥上市公司20強及最具投資價值醫藥上市公司10強在北京揭曉，三九醫藥股份有限公司（000999）在20強榜中位列第四。此次評選活動由中國醫藥企業管理協會、《醫藥經理人》聯合主辦。

8月18日，衛生部、國家發改委等九部委正式頒布《國家基本藥物目錄》，三九醫藥股份有限公司共有68個品種進入《國家基本藥物目錄》，其中三九胃泰顆粒和正天丸（膠囊）兩個獨家中藥品種進入《國家基本藥物目錄》。

8月25日，三九醫藥股份有限公司“單味中藥濃縮顆粒劑技術改造”項目，獲得深圳市貿易工業局下發的“項目竣工驗收結果通知書”。單味中藥濃縮顆粒劑技術改造”項目，于 2002年被列入國家第三批重點技改造項目之列，并在當年獲得國家2037萬元人民幣的專項資金補助。

10月25日華潤集團總經理喬世波等視察了江西三九藥業有限公司，重點了解該公司并購項目工作進展情況。

11月10日，三九醫藥發布公告稱：董事會決議公司名稱由“三九醫藥股份有限公司”變更為“華潤三九醫藥股份有限公司”，將“華潤”字號植入公司名稱，有利于借助華潤集團在國內市場的影響力和醫藥產業資源促進公司業務成長。